כאשר יוצרים Shopify Organization (ארגון שופיפיי) לניהול מרוכז של מספר חנויות, Shopify קובעת את מטבע החיוב של הארגון לפי החנות הראשונה שמצורפת. כל חנות נוספת שמתווספת לאותו ארגון חייבת לחלוק את אותו מטבע חיוב — גם אם היא פועלת בשוק אחר ומציגה ללקוחות מחירים במטבע מקומי. ההגבלה הזו נוגעת אך ורק לחיוב ה-Shopify Plan עצמו, לא למטבע שבו לקוחות קצה משלמים.
בחנויות ישראליות שמנהלות ארגון עם סניפים בינלאומיים — למשל חנות ₪ בישראל לצד חנות $ בארה"ב — חשוב להחליט מראש איזה מטבע חיוב לקבע לארגון, כי אין דרך לתקן את זה לאחר מכן. שינוי מטבע חיוב בדיעבד מחייב פירוק הארגון ויצירתו מחדש, עם כל ההשלכות על הרשאות צוות, דוחות מאוחדים, ואפליקציות מותקנות.