מטבע החנות נקבע ב-Settings → General ומשפיע על כל מחיר שמוזן ידנית — מוצרים, משלוחים, הנחות, כרטיסי מתנה. Shopify (שופיפיי) מאחסנת את כל המחירים במטבע הבסיסי, ורק בעת הצגה ממירה ללקוח בהתאם ל-Markets. שינוי מטבע בסיסי לאחר שהחנות כבר פועלת הוא פעולה הרסנית — כל המחירים יישארו באותם מספרים אבל יוצגו במטבע החדש, כך שמחיר 100 ש"ח יהפוך ל-100 דולר.
בחנות ישראלית שמוכרת גם לחו"ל, כדאי להשאיר ILS כמטבע הבסיסי ולהגדיר המרה אוטומטית לדולר/אירו דרך Markets. ספקי סליקה מקומיים כמו פאי ו-Cardcom עובדים בש"ח בלבד, לכן חנות שמקבלת גם תשלומים בדולר תצטרך סליקה נפרדת דרך Shopify Payments (שאינו זמין בישראל נכון לכתיבה זו) או ספק חיצוני שתומך במטבעות מרובים.