Shopify POS רץ על מכשיר פיזי (אייפד או אנדרואיד) שנגיש לכל מי שעומד מאחורי הדלפק. אבטחה נכונה כוללת כמה שכבות: PIN ייחודי לכל איש צוות (לא PIN משותף), הגדרת session timeout שנועל את האפליקציה אחרי חוסר פעילות, הגבלת הרשאות לפי תפקיד (קופאי לא חייב לראות דוחות רווח), והצפנת התקן הסליקה עם מסוף Shopify POS Go או Tap & Chip מוסמך.
בהקשר ישראלי יש שני דגשים נוספים: ראשית, חוק הגנת הפרטיות מחייב לצמצם חשיפה של נתוני לקוחות לעובדים שלא צריכים אותם — Shopify POS מאפשר להסתיר היסטוריית הזמנות מתפקידים מסוימים. שנית, בסביבת חנות פיזית שיש בה מספר קופות יש לוודא שכל מכשיר נרשם בנפרד ב-Admin ושביומן הפעילות (`Staff activity log`) אפשר לזהות כל פעולה לפי עובד ספציפי.