מכירה פיזית ב-Shopify מתבססת על אפליקציית Shopify POS שרצה על אייפד או אייפון ומחוברת לציוד קופה: קורא כרטיסים, מדפסת קבלות וסורק ברקוד. כל עסקה שנסגרת פיזית מורידה מלאי מאותם SKUs שמוצגים בחנות האונליין — כך שלא נוצרת מכירת יתר כשמוצר אחד נמכר גם באתר וגם בדוכן באותו רגע. ההיסטוריה של הלקוח, ההחזרות וכרטיסי המתנה עובדים באופן שקוף בין שני הערוצים.
בישראל מכירה פיזית עם שופיפיי מחייבת בדיקה של ספקי הסליקה הנתמכים — לא כל מסוף אשראי ישראלי מתממשק ישירות עם Shopify POS. פתרון נפוץ הוא להפעיל מסוף אשראי נפרד ולרשום את הגבייה ידנית כ-custom payment, או לעבוד עם ספק שיש לו אינטגרציה מאושרת. כדאי גם לוודא שמערכת הנהלת החשבונות מקבלת את עסקאות ה-POS עם פירוט מס תקין לצורכי דיווח.