הגנת המוכר פועלת כך: אם לקוח פותח מחלוקת על עסקה (למשל טוען שלא קיבל את המוצר, או שהכרטיס שלו נגנב), ספק התשלום בוחן אם הסוחר עמד בתנאי הסף — בדרך כלל: משלוח עם מספר מעקב לכתובת מאומתת, תיעוד מסירה, וסכום עסקה בטווח מוגן. אם התנאים מתקיימים, הסוחר מוגן מהחזר כספי כפוי.
בחנויות ישראליות שמשתמשות ב-PayPal Express Checkout דרך שופיפיי חשוב לוודא שהגדרות החשבון ב-PayPal תואמות את דרישות ה-Seller Protection — כולל אישור כתובת משלוח, שימוש בחברת שליחויות שמספקת מעקב, ושמירת תיעוד למשך לפחות 180 יום. הגנת המוכר אינה אוטומטית ואינה מכסה מוצרים דיגיטליים או עסקאות שנעשו מחוץ לתהליך הסטנדרטי.