במנהל החנות של שופיפיי, הגדרות המשלוח מאורגנות סביב Shipping profiles (פרופילי משלוח) — כל פרופיל מגדיר אילו מוצרים שייכים אליו, לאילו אזורים גיאוגרפיים הם נשלחים, ובאילו תעריפים. אפשר לבנות תעריפים קבועים, תעריפים לפי משקל/מחיר, או להתחבר לתעריפים חיים של ספקי שליחויות דרך Carrier-calculated shipping. כל הגדרה של מס, תעריף ואזור צריכה להיות מוגדרת ידנית — היא לא מועתקת אוטומטית בעת שכפול חנות.
בחנות ישראלית, משלוחים הם לרוב הנקודה הכי מורכבת לתחזוקה: ספקים כמו DHL, FedEx, חברת דואר ישראל, Transmit, יוניקום ו-iPost דורשים אינטגרציה דרך אפליקציה ייעודית. כדאי לבנות פרופיל נפרד למוצרים עם משקל חריג (למשל ריהוט), פרופיל לדיגיטל (ללא משלוח), ולוודא שהגדרות ה-VAT והמס תואמות לאזורים שמחוץ לישראל.