Shopify מנהלת מיסים ברמת Settings → Taxes and duties. לכל מדינה שמוגדרת אזור משלוח אפשר לקבוע שיעור מס עצמאי, לסמן מוצרים ספציפיים כפטורים ממס, ולבחור אם המחיר המוצג בחנות כולל מס (tax inclusive) או לא — כאשר המס מתווסף בקופה. ניתן גם להגדיר מיסים על משלוח באופן נפרד.
בישראל מע"מ עומד על 18% וחל על רוב המוצרים והשירותים. הגדרה נכונה בחנות שופיפיי דורשת לסמן "Include tax in price" כדי שמחיר ה-₪ שמוצג ללקוח יהיה המחיר הסופי — כפי שהצרכן הישראלי מצפה. אם לא עושים זאת, הלקוח יראה תוספת מס בקופה בלי שציפה לה, מה שמגדיל נטישת עגלה. כדאי גם לוודא שמסמכי החשבוניות (דרך אפליקציית חשבוניות) מדווחים על המע"מ כחלק מהמחיר ולא כסכום נפרד.