Shopify מספקת כמה ממשקי API עיקריים לצרכים שונים: Admin API (REST ו-GraphQL) לניהול מלא של החנות מצד שרת, Storefront API לגישה ציבורית מחזית headless, Customer Account API לניהול חשבונות לקוחות, ו-Payments Apps API לאינטגרציות סליקה. כל ממשק דורש אסימון גישה (access token) עם scopes מוגדרים, ויש לכל אחד מגבלות קצב (rate limits) שונות.
בחנות ישראלית ממשקי ה-API הם הגשר בין שופיפיי לכלים מקומיים: מערכות ERP, תוכנות הנהלת חשבונות, מחסן, חברות שליחויות ופלטפורמות שיווק. בעת בחירת אפליקציה או פיתוח אינטגרציה מותאמת, כדאי לבדוק אם היא משתמשת ב-GraphQL Admin API (הגרסה המודרנית) ולא ב-REST ישן — Shopify מייצבת API חדשות ב-GraphQL תחילה.