חשבוניות שופיפיי אינן מסמך אחד קבוע — הן מורכבות ממספר סוגי חיובים שמצטברים במחזור החיוב: תוכנית המנוי הבסיסית (Basic, Shopify, Advanced, Plus), עמלות עסקה לפי ספק סליקה, חיובי אפליקציות צד שלישי שמוגדרים לכל אחת בנפרד, ו-Shopify Payments settlements. כל אחד מאלה יכול להיות על כרטיס אשראי שונה ותחת בעל חנות שונה אם יש מספר חנויות.
בהקשר ישראלי כדאי לשים לב לשלושה דברים: ראשית, החיוב הוא בדולרים ולכן תנודות שער החליפין משפיעות על העלות בפועל. שנית, חשבונית ה-VAT מ-Shopify אינה תחליף לחשבונית ישראלית לצרכי מע"מ — אלה הוצאות בחו"ל ודורשות טיפול נפרד בדוחות. שלישית, לפני שמבצעים פעולות כמו החלפת כרטיס אשראי, שינוי בעלות חנות או ביטול אפליקציה, חשוב לוודא איזה חשבון Owner מחובר ומי יישא בחיוב הבא.