קופת Shopify היא רכיב מרכזי ומנוהל של הפלטפורמה, הרץ תחת תשתית PCI-DSS של Shopify ולא ניתן להחלפה מלאה בקוד מותאם אישית. כל חנות Shopify משתמשת באותה תשתית קופה, אך ניתן להרחיב אותה דרך Checkout extensions ו-Checkout Blocks — תוספים שמוסיפים שדות, הודעות, לוגיקת הנחות ואפשרויות משלוח ייחודיות. תכונות מתקדמות כמו פיצול משלוחים (split shipping) ובחירת מועד אספקה לכל פריט בנפרד פועלות ישירות בתוך ממשק הקופה המובנה.
בחנויות ישראליות קופת שופיפיי היא הנקודה שבה מתרכזים האתגרים המקומיים: תמיכה ב-RTL מלא בטפסי הקופה, הצגת מחירים בש"ח עם מס כולל, חיבור לספקי סליקה מקומיים כמו פאי או קארדקום, ואפשרויות איסוף עצמי. כדאי לבצע הזמנות בדיקה תקופתיות ולוודא שכל אחד מהאלמנטים האלה מתנהג כצפוי — במיוחד לאחר עדכוני תבנית או הוספת אפליקציות חדשות.