Shopify Messaging app החליפה את הגדרות האימייל הוותיקות שהיו פזורות בתוך Admin תחת Notifications. כיום היא מרכזת את כל אוטומציות ההודעות במקום אחד: אוטומציית עגלה נטושה, אוטומציית קופה נטושה (abandoned checkout re-engagement), מיילי אישור ועדכון הזמנה, ועוד. לכל אוטומציה ניתן לערוך את תוכן האימייל, לקבוע עיכוב שליחה, ולהוסיף תנאי פילוח.
חנויות שהשתמשו בהגדרת האימייל הוותיקה של נטישת קופה נדרשות לבצע מיגרציה ידנית אל האוטומציה החדשה דרך האפליקציה — שתי ההגדרות לא פועלות במקביל. לחנות ישראלית כדאי לוודא שתבניות האימייל המוגדרות כוללות תמיכה ב-RTL וב-שקל, ושכותרות האימייל ושורות הנושא נכתבו בעברית תקינה כדי לשפר שיעורי פתיחה.