Online store הוא ערוץ ברירת מחדל בכל חנות חדשה. הוא כולל את כל העמודים (Home, Product, Collection, Search, Cart, Checkout), את ה-Theme, ואת ה-blog. ניתן להוסיף ערוצים נוספים (Shop, Facebook, Instagram, Google) אבל ה-online store הוא ה-foundation שמכיל את כל הקטלוג.

בישראל המלצה: לתת לדומיין יחודי (לא myshop.myshopify.com), להגדיר עברית RTL מההתחלה, ולהשקיע ב-SEO בעברית. שווה לבדוק שמע"ם מחושב נכון, ושמדיניות החזרות תואמת לחוק הגנת הצרכן הישראלי.