Shopify POS פועל בשתי שכבות: האפליקציה עצמה שרצה על טאבלט או מכשיר iOS/Android בנקודת המכירה, וממשק האדמין שמשמש כמקור האמת לכל ההגדרות. מתוך האדמין מגדירים את המיקומים הפיזיים (locations), קובעים אילו מוצרים זמינים בכל מיקום, מנהלים מלאי בין-מיקומי, ומגדירים הרשאות עובדים. שינויים באדמין מסתנכרנים לאפליקציית ה-POS בזמן אמת.
בחנות ישראלית שמשלבת מכירה פיזית ואונליין, חשוב לוודא שסליקת האשראי בנקודת המכירה מחוברת לספק תואם (Shopify Payments אינו זמין בישראל), ושמלאי מסונכרן בין החנות הדיגיטלית לנקודות המכירה כדי למנוע מכירת יתר. הגדרות המע"מ וקטגוריות המוצרים לצורך קופה רשומה מנוהלות גם הן מתוך האדמין.