מנוי POS Pro הוא שכבת תשלום נוספת מעל תוכנית ה-Shopify הרגילה, ומופעלת לכל מיקום (location) בנפרד. הוא מאפשר ניהול staff מורחב בנקודת המכירה — הגדרת תפקידים, הגבלת גישה לפונקציות כמו מתן הנחות ידניות או ביצוע החזרות, מעקב שמשמרת עבדה, ודוחות ביצועים לפי עובד. בלי POS Pro, ניהול צוות הקופה דרך ה-Point of Sale channel מוגבל מאוד.
בחנות ישראלית עם נקודת מכירה פיזית (חנות, קיוסק, פופ-אפ), חשוב לדעת שמנוי POS Pro מחויב לפי מיקום — אם יש שלוש חנויות פיזיות, משלמים שלוש פעמים. כדאי לחשב את העלות מול החלופה של מערכת קופה נפרדת ולוודא שה-hardware הנבחר (קורא כרטיסים, מדפסת קבלות) נתמך רשמית על ידי Shopify בישראל.