Shopify POS מורכב משתי שכבות: אפליקציית POS שרצה על iPad או iPhone, וחומרת קופה (קורא כרטיסים, מגירת מזומנים, מדפסת קבלות) שמתממשקת אליה. כל מכירה שנסגרת בקופה הפיזית מתעדכנת אוטומטית במלאי ובדשבורד של החנות המקוונת, ולקוח שקנה אונליין יכול להחזיר בחנות — ולהפך. התוכנית הבסיסית (POS Lite) כלולה בכל חבילות שופיפיי, ו-POS Pro מוסיפה הרשאות עובדים מתקדמות, דוחות קמעונאיים ומלאי לפי מיקום.
בישראל Shopify POS אינו נפוץ עדיין כפתרון קופה עיקרי, בין השאר כי הוא לא מאושר כקופה רושמת לפי דרישות רשות המיסים הישראלית. בעלי חנויות שרוצים לשלב נקודת מכירה פיזית עם חנות שופיפיי בישראל בוחרים לרוב בפתרון הסנכרון עם מערכת קופה מקומית מאושרת ומחברים אותה דרך API, במקום להשתמש ב-POS של שופיפיי ישירות.