כל תוכנית מנוי של שופיפיי קובעת מה מותר ומה זמין בחנות: ב-Basic אין דוחות מתקדמים ודמי העסקה גבוהים יותר; ב-Advanced יש חישוב מכס בזמן אמת ו-15 חשבונות צוות; ב-Shopify Plus יש Custom Checkout, B2B מובנה, ו-SLA. הרבה אפליקציות ופיצ'רים פנימיים של Shopify בודקים את רמת התוכנית לפני שהם מופעלים — למשל שיעורי משלוח חיצוניים (Carrier Calculated Shipping) דורשים Advanced ומעלה.
בישראל חשוב לדעת שדמי המנוי של שופיפיי גובים בדולרים, ולכן עלות התוכנית בפועל תלויה בשער הדולר. בנוסף, חנויות שמשתמשות ב-Shopify Payments (שאינו זמין בישראל נכון לכתיבה זו) נהנות מביטול דמי העסקה הנוספים — חנויות ישראליות שמשלמות לספקי סליקה מקומיים משלמות גם את דמי העסקה של שופיפיי וגם את עמלות הסליקה, מה שמשפיע על בחירת תוכנית המנוי.