ב-Shopify, SSO רלוונטי בעיקר בשני הקשרים: חנויות B2B שמחברות את פורטל הלקוחות לספק זהות ארגוני (כמו Azure AD או Okta), וחנויות עם חשבון לקוח מותאם שבנויות על Customer Account API החדש. במקרה הראשון, הלקוח מתחבר עם האישורים הארגוניים שלו ו-Shopify מאמתת את הזהות מול ה-IdP (Identity Provider) החיצוני בלי לאחסן סיסמה נפרדת.
מעבר SSO (SSO migration) הוא תהליך רגיש: לקוחות קיימים שהיו רשומים עם אימייל וסיסמה ישירה צריכים לעבור לספק הזהות החדש בלי לאבד היסטוריית הזמנות או כתובות שמורות. Shopify מספקת מדריך מעבר ייעודי שמסביר כיצד לקשר בין customer ID קיים לבין הזהות החיצונית — תהליך שחייב להיות מתוזמן בקפידה כדי למנוע נעילת לקוחות בשיא מכירות.