SKU הוא קיצור של Stock Keeping Unit — יחידת ניהול מלאי. בשופיפיי כל וריאציה (צבע + מידה, למשל) יכולה לקבל מק"ט עצמאי, שמאפשר לחבר אותה לקוד מוצר ב-ERP, במחסן, או אצל הספק. בניגוד ל-Barcode שהוא תקן חיצוני (EAN/UPC), המק"ט הוא מזהה פנימי שהסוחר מגדיר בעצמו ויכול לבחור את מוסכמת השמות שמתאימה לו.
בחנויות ישראליות שמשתמשות ב-Shopify Bundles (חבילות מוצרים), כדאי לשים לב: בהזמנות מוצגים המק"טים של הרכיבים הבודדים ולא של החבילה כמכלול. זה יכול לבלבל מערכות הנהלת חשבונות או ממשקי ERP שמצפים לראות מק"ט חבילה אחד. כדאי להגדיר מוסכמת מק"טים ברורה מראש שמאפשרת לזהות הן רכיבים והן חבילות.