SSL (ובמדויק יותר — TLS, הגרסה המודרנית שלו) מצפין את התעבורה בין הדפדפן של הלקוח לשרתי Shopify, ומונע ציתות לנתוני כרטיס אשראי, סיסמאות ומידע אישי. כל חנות שופיפיי עם דומיין מחובר מקבלת תעודה אוטומטית ללא תשלום דרך Let's Encrypt, והיא מתחדשת ברקע בלי התערבות הסוחר. הדפדפן מציג מנעול ירוק בשורת הכתובת כאישור שהתעודה תקינה.
בעיות נפוצות בחנויות ישראליות: דומיין שמנוהל ב-DNS חיצוני (כמו ישראלי.co.il דרך Wix DNS או ספק ישראלי) עם רשומת CAA שגויה חוסמת את הנפקת התעודה, או DNSSEC שמוגדר בצורה שמונעת מ-Shopify לאמת בעלות על הדומיין. אם HTTPS לא עולה תוך 48 שעות מחיבור דומיין — הצעד הראשון הוא לבדוק CAA records ולוודא שאין חסימה של Let's Encrypt.