SSO (Single Sign-On) מאפשר ללקוח להתחבר פעם אחת — לדוגמה מול מערכת CRM, ERP או פורטל B2B — ולקבל גישה אוטומטית גם לחנות שופיפיי בלי להזין סיסמה נפרדת. המעבר ל-SSO ב-Shopify מחייב הגדרת Multipass (לחנויות Shopify Plus) או אינטגרציה דרך אפליקציה חיצונית שמנהלת טוקני זהות, תוך שמירה על עקביות של customer ID בין המערכות.
בחנויות ישראליות B2B, מעבר SSO הוא לרוב חלק מפרויקט גדול יותר של חיבור ל-Active Directory ארגוני או למערכת ERP מקומית. הסיכון העיקרי במעבר הוא אובדן שיוך הזמנות היסטוריות אם ה-customer ID משתנה בתהליך — לכן חובה לבצע מיפוי מלא של לקוחות קיימים לפני הפעלת ה-SSO בסביבת הייצור.