כל חנות Shopify מתחילה עם מחזיק חשבון אחד (Owner) שיש לו גישה מלאה ובלתי מוגבלת. כל שאר המשתמשים הם Staff members שמקבלים תפקיד מותאם: גישה לעריכת מוצרים בלבד, גישה לדוחות, גישה לניהול הזמנות — או שילוב כלשהו. מספר ה-Staff members המותר תלוי בפלן: Basic מאפשר מספר מוגבל, בעוד שפלן Shopify Plus מאפשר staff members ללא הגבלה.
בהקשר של Shopify POS, כל איש צוות מקבל PIN אישי לכניסה למסוף — זה מאפשר לקשר כל עסקה לעובד ספציפי, לנהל הרשאות אישור הנחות, ולמנוע שימוש בסיסמה משותפת. בחנויות פיזיות בישראל עם כמה קופאים, PIN אישי לכל איש צוות הוא גם דרישת אבטחה בסיסית וגם כלי ניהולי לזיהוי מי ביצע איזו פעולה.