כל חשבון Shopify יכול להיות מקושר ליותר מחנות אחת — למשל סוחר שמנהל מספר מותגים, או עובד שמקבל גישה לחנות מסוימת בלבד. רשימת הגישה נקבעת על ידי בעל החנות: אפשר להזמין משתמש כ-Staff member עם הרשאות מוגבלות (ניהול מוצרים בלבד, למשל, בלי גישה לנתוני תשלומים), וכך אותו חשבון יראה חנויות שונות עם רמות שליטה שונות.
בסביבת Shopify Organization (ארגון עם מספר חנויות תחת חשבון אחד), ניהול ה-Store access עובר למרכז ניהול הארגון ומאפשר לתת גישה רוחבית לכלל החנויות או לחנויות בודדות. לחנויות ישראליות עם צוותים מרובים — שירות לקוחות, לוגיסטיקה, שיווק — כדאי להגדיר הרשאות מפורטות לכל עובד ולא לחלק סיסמת Admin ראשית.