ב-Shopify Plus ובמבנה ארגוני מרובה חנויות, קיימת הפרדה ברורה בין ניהול ברמת הארגון לבין ניהול ברמת חנות בודדת. Store user administrator role מאפשר לאדם ספציפי לנהל משתמשים רק בחנות שהוקצתה לו — הוא לא יכול לגעת בהגדרות חנויות אחרות בארגון ולא להקצות הרשאות שמעל לרמתו שלו. בעל החנות (Store owner) מקבל את הסמכויות הללו אוטומטית.
בחנויות ישראליות עם מספר סניפים או מספר חנויות Shopify תחת אותה קבוצה, כדאי לאצול את ה-Store user administrator role למנהל תפעול ספציפי לכל חנות במקום לתת גישת ארגון רחבה. כך מונעים מצב שבו טעות של עובד אחד משפיעה על כל הקבוצה — עיקרון ה-least privilege שחשוב במיוחד כשיש שילוב של אדמין עברי ועובדים עם רמות הרשאה שונות.