כאשר אפליקציה מ-Shopify App Store משתמשת ב-Billing API של שופיפיי, החיוב מרוכז בחשבונית החודשית של החנות — הסוחר לא צריך כרטיס אשראי נפרד לכל אפליקציה. החיוב יכול להיות מנוי חודשי קבוע (Recurring charge), חיוב חד-פעמי (One-time charge) או חיוב לפי שימוש (Usage charge). שופיפיי גובה עמלה ממפתח האפליקציה על כל חיוב כזה.
מבחינת החזרים, כאן טמון הבדל קריטי לסוחר ישראלי: שופיפיי עצמה לא מחזירה כסף על חיובי צד שלישי — הסוחר חייב לפנות ישירות למפתח האפליקציה. לפני התקנת אפליקציה בתשלום כדאי לבדוק את מדיניות ההחזר שלה בדף האפליקציה ב-App Store, ולשמור תיעוד של כל אישור חיוב למקרה של מחלוקת.