כאשר מתקינים אפליקציה מחנות האפליקציות של Shopify שיש לה תוכנית בתשלום, החיוב עובר דרך מנגנון החיוב של Shopify עצמה — Billing API. זה אומר שהוא מופיע בחשבונית החודשית של החנות כ-third-party charge ולא כחיוב ישיר מחברת האפליקציה. אפשר לראות את כל החיובים האלה תחת Shopify Admin ← Settings ← Billing.
בחנות ישראלית חשוב לעקוב אחרי חיובי צד שלישי מכמה סיבות: הם מצטברים בשקט גם כשהאפליקציה כמעט לא בשימוש, הם לרוב בדולרים ולכן משתנים עם שער החליפין, וחלקם גובים אחוז מההכנסות (revenue-based charge) שגדל כשהחנות צומחת. כדאי לבדוק מדי רבעון אילו אפליקציות פעילות ואם העלות מוצדקת ביחס לשימוש.