כשמחברים דומיין צד שלישי לשופיפיי, הספק החיצוני ממשיך להחזיק את הרישום עצמו — החידוש השנתי, נעילת הדומיין, ורשומות ה-DNS מנוהלים שם. ב-Shopify מוסיפים את הדומיין ומקבלים הוראות להגדיר רשומת `A` או `CNAME` שמכוונת לשרתי שופיפיי. לאחר ההפצה (propagation) בדרך כלל של עד 48 שעות, החנות מגיבה על הדומיין הממותג, ו-Shopify מטפלת אוטומטית בתעודת ה-SSL.
בישראל, ספקי אחסון ודומיינים נפוצים כמו 012, Domains.co.il, ו-GoDaddy ישראל מאפשרים לערוך רשומות DNS בממשק פשוט — אבל לעיתים הם מוסיפים שכבת Parking או Redirect שמתנגשת עם הגדרת ה-`A` record של שופיפיי. לפני שמחברים, כדאי לוודא שאין הפניות אוטומטיות פעילות על הדומיין, וכן לבדוק ש-`www` מוגדר כ-`CNAME` לכתובת `shops.myshopify.com` הנכונה.