בניגוד לחיבור דומיין (domain connection) שבו הדומיין נשאר רשום אצל הספק המקורי ורק רשומות ה-DNS מצביעות לשופיפיי, העברה מלאה מעתיקה את הבעלות הרשמית ל-Shopify. התהליך כולל שלושה שלבים עיקריים: ביטול נעילת הדומיין אצל הספק הנוכחי, קבלת קוד EPP (קוד אישור), והזנתו בהגדרות הדומיין ב-Admin של שופיפיי. ה-ICANN מחייב שהדומיין לא יהיה צעיר מ-60 יום ולא נרשם מחדש ב-60 הימים האחרונים.
בחנויות ישראליות חשוב לדעת: דומיינים עם סיומת `.co.il` אינם נתמכים להעברה אל Shopify — ניתן רק לחבר אותם (חיבור DNS). את דומייני ה-`.co.il` מנהל רג׳סטרר ישראלי מורשה, ושופיפיי אינה רשאית לשמש כרג׳סטרר עבורם. בפועל, מרבית החנויות הישראליות מחזיקות דומיין `.com` מועבר לשופיפיי ומחברות אליו `.co.il` דרך רשומת CNAME.