החשבונית של שופיפיי מורכבת ממספר סוגי חיובים: חיוב קבוע (subscription) עבור תוכנית המנוי החודשית או השנתית; חיובים לפי שימוש (usage charges) שמשתנים בהתאם לנפח מכירות, קריאות API או שירותי שיווק; חיובי אפליקציות שגובות תשלום חודשי קבוע או עמלה משתנה; ועמלות עסקה (transaction fees) על כל מכירה — שיעורן יורד ככל שהתוכנית גבוהה יותר.
בחנויות ישראליות יש שתי נקודות תשומת לב: ראשית, כל החיובים של Shopify נגבים בדולר אמריקאי, כך שתנודות שער ה-ש"ח-דולר משפיעות על העלות בפועל. שנית, אם החנות משתמשת בספק סליקה חיצוני (לא Shopify Payments), מתווספת עמלת עסקה חיצונית על כל מכירה — לכן כדאי לבחון אם מעבר לתוכנית גבוהה יותר מכסה את העמלות שנחסכות.