כאשר מסירים ערוץ מכירה כמו Shopify POS, התהליך מתבצע מתוך Sales channels בלוח הניהול ולא מתוך מסך המכשיר עצמו. בשלב האישור שופיפיי מציגה אזהרה על הנתונים שייפגעו — למשל היסטוריית מכירות מהמכשיר, הגדרות מיסוי ייעודיות, ופרופילי משלוח שהוגדרו רק לאותו ערוץ. הסרה של אפליקציה צד שלישי מבטלת גם את ה-OAuth token שלה ומפסיקה את כל ה-Webhooks שרשמה.
בחנות ישראלית עם מספר נקודות מכירה פיזיות כדאי לתעד מי ביצע כל הסרה ומתי, כי ביטול ערוץ POS עלול להשפיע על דוחות מכירה, מלאי משותף, ואינטגרציות ERP שמושכות נתונים מאותו ערוץ. לפני הסרה, מומלץ לייצא את הנתונים הרלוונטיים ולוודא שכל ההזמנות הפתוחות טופלו.