ב-Shopify קיימות שתי רמות הרשאה לניהול משתמשים: רמת החנות (Store) ורמת הארגון (Organization, זמינה בפלאן Shopify Plus). רק בעל החנות (Owner) יכול לבצע את כל פעולות הניהול ללא הגבלה. Staff members שקיבלו את ההרשאה המפורשת לניהול משתמשים יכולים להוסיף חברי צוות נוספים — אך לעולם לא ברמת הרשאות גבוהה מהשלהם. ב-Point of Sale קיים תפקיד נפרד של POS Manager שמאפשר ניהול עובדים בנקודת המכירה בלי גישה לאדמין הראשי.
בחנויות ישראליות עם מספר סניפים או מחסנים, חשוב להבין ש-staff permissions מוגדרות לכל Location בנפרד — עובד שיש לו גישה לסניף תל אביב לא בהכרח מנהל מלאי בסניף ירושלים. לפני שמוסיפים עובד חדש כדאי לרשום ב-Shopify Admin מה בדיוק כל תפקיד יכול לעשות, ולבחון עם המנהל אם נדרשת גישה ל-Order editing, להחזרות, או לדוחות כספיים.