מתוך Shopify Admin ניתן לאכוף Two-step authentication (אימות דו-שלבי) על כל בעלי הגישה לחנות, לצפות ב-login history שמציג אילו מכשירים ומיקומים גאוגרפיים ניגשו לאדמין, ולעיין ב-user management activity log שרושם כל שינוי הרשאה — מי הוסיף משתמש, מי שינה תפקיד ומי הסיר גישה. מנגנון ה-Collaborator accounts מאפשר להעניק גישה מוגבלת לסוכנויות ומפתחים בלי לשתף סיסמה.
בחנות ישראלית שעובדת עם סוכנות שיווק, מפתח עצמאי או רואה חשבון, חשוב להשתמש אך ורק ב-Collaborator accounts עם הרשאות מינימליות נדרשות — ולבטל גישה מיד בתום העבודה. בנוסף, כדאי לעבור אחת לרבעון על יומן הפעילות ולוודא שאין כניסות חשודות ממיקומים בלתי צפויים.