ב-Shopify Flow כל Workflow בנוי משלושה חלקים: Trigger (מה מפעיל את התהליך — למשל הזמנה נוצרה, לקוח נוצר, מוצר עודכן), Conditions (תנאים אופציונליים שמסננים מתי הפעולה תבוצע), ו-Actions (מה קורה בפועל — עדכון מטא-שדה, שליחת מייל פנימי, הוספת תג, יצירת משימה). ניתן לשרשר מספר פעולות ולהסתעף לפי לוגיקה של if/else.
בחנויות ישראליות Workflow שימושי במיוחד לאוטומציות כמו: העברת תאריך לידה מהזמנה לפרופיל הלקוח, תיוג לקוחות לפי ערך הזמנה לצורך סגמנטציה, או הפעלת התראה פנימית כשמלאי מוצר נמוך. חשוב לזכור ש-Shopify Flow זמין רק בפלאנים של Shopify ומעלה, ולא בפלאן Basic.