רוב האפליקציות בתשלום משתמשות במודל Subscription — מחיר קבוע לחודש (לרוב $5-$200, תלוי בפיצ׳ר). Shopify גובה את החיוב יחד עם תוכנית החנות, מציג חשבונית מאוחדת, ומאפשר ביטול מנוי בלחיצה אחת. אם הסוחר מסיר את האפליקציה, המנוי מתבטל אוטומטית.

בחנות ישראלית הסכומים בדולרים מתורגמים לשקלים בעת החיוב. כדאי לעקוב — מנוי של $50/חודש הוא ₪180/חודש = ₪2,160/שנה. אם אפליקציה לא מצדיקה את הסכום (יוצרת לפחות כפל שלו בהכנסה נוספת או חיסכון בזמן), שווה להחליפה.