כאשר אפליקציה מ-Shopify App Store גובה תשלום — מנוי חודשי, חיוב חד-פעמי או חיוב לפי שימוש (usage charge) — הוא מתבצע דרך מנגנון החיוב של Shopify ומצטרף לחשבונית החנות. זה נוח כי לא צריך כרטיס אשראי נפרד לכל אפליקציה, אך אומר שחיוב בלתי מוכר בחשבונית שופיפיי לא תמיד הוא של Shopify עצמה — לעיתים הוא של אפליקציה שהותקנה ונשכחה.
כדי לברר חיוב לא מוכר בחנות ישראלית, יש לעבור ל-Shopify Admin ← Settings ← Billing ולפתוח את החשבונית הרלוונטית. שם תופיע שורה עם שם האפליקציה המחייבת. אם האפליקציה כבר הוסרה, Shopify לא תחזיר את החיוב באופן אוטומטי — יש לפנות ישירות למפתח האפליקציה, כי ה-refund policy הוא של המפתח, לא של Shopify.