כל פעולת צוות (Edit product, Cancel order, Install app), כל פעולת API (איזה אפליקציה ביצעה מה), וכל אירוע מערכת (Plan changed, Payment failed) נכנס ל-audit trail. שופיפיי שומרת אותם ל-90 ימים בתוכניות Basic/Advanced, ולשנה ב-Plus. הם נגישים תחת Settings → Plan → Activity log.
בחנות עם דרישות אבטחה גבוהות (B2B, נתוני לקוחות מורכבים), Audit trails חיוניים. בעת תקלה — 'מחיר מוצר השתנה לפתע, מי השנה?' — ה-Audit trail עונה תוך דקה. בלעדיו זה ניחוש. בחנויות שצריכות שמירה ארוכה יותר מ-90 ימים, אפליקציית Audit log חיצונית יכולה לארכב.