בעסקים עם זרימה דואלית (מוכרים גם לציבור וגם לסיטונאים), שופיפיי Plus מאפשרת להפעיל שתי חנויות תחת ארגון אחד: חנות B2C ראשית, וחנות B2B נפרדת ב-subdomain (`wholesale.example.com`). שתי החנויות חולקות קטלוג, אבל לכל אחת ממשק, מחירון, ותהליך התשלום שלה.

בחנות ישראלית הפתרון הזה מקצועי במיוחד כשיש לקוחות B2B שדורשים פרטיות ('אסור שלקוח אחר יראה כמה אני קונה'). ההפרדה נותנת להם מרחב מוגן. החיסרון: הקמת שתי חנויות יקרה יותר ודורשת תחזוקת שני סטים של תוכן.