ב-Shopify יש הבחנה ברורה בין Staff accounts (חשבונות צוות עם הרשאות מוגבלות) לבין Owner (הבעלים) — רק בעל החנות יכול לשנות את פרטי החיוב, לאשר חיובים של אפליקציות ולמחוק את החנות. העברת בעלות נעשית מתוך Settings → Users and permissions, על ידי הגדרת חבר צוות קיים כבעלים חדש. ברגע שהפעולה מאושרת, הבעלים הקודם הופך לחבר צוות רגיל.
בהקשר ישראלי העברת בעלות מופיעה לרוב בשלושה מצבים: מכירת העסק לרוכש חדש, העברה בין שותפים, או מעבר מחשבון סוכנות (agency) לידי הלקוח בסוף פרויקט. חשוב לוודא לפני ההעברה שפרטי החיוב מעודכנים, שכל האפליקציות המותקנות מורשות לרוץ תחת הבעלים החדש, ושכתובת האימייל של הבעלים החדש מאומתת ב-Shopify — אחרת ההעברה תיחסם.