בעלות על חנות Shopify קשורה לחשבון אחד בלבד בכל רגע נתון. כדי להעביר בעלות, הבעלים הנוכחי נכנס ל-Settings → Users and Permissions, פותח את Store owner role ובוחר Change ownership. הבעלים החדש חייב כבר להיות רשום בחנות כ-Staff member, לאחר מכן הוא מקבל אימייל אישור ורק לאחר אישורו הבעלות עוברת. לא ניתן להעביר בעלות לכתובת מייל שאינה מחוברת לחשבון Shopify פעיל.
בהקשר עסקי ישראלי — למשל מכירת חנות, שיתוף פעולה עם שותף, או העברה לחברת ניהול — חשוב לדעת שהעברת הבעלות לא מעבירה אוטומטית פרטי חיוב, חשבון בנק מחובר ל-Shopify Payments, או הסכמים פעילים עם אפליקציות. כל אלה דורשים עדכון נפרד לאחר ההעברה כדי למנוע חיובים לכרטיס הבעלים הקודם.