ב-Shopify B2B כל לקוח עסקי מיוצג כ-Company ולא כ-Customer רגיל. לחברה יכולים להיות מספר Company Locations (סניפים או כתובות חיוב שונות), וכל מיקום יכול לקבל Catalog נפרד עם מחירים ומוצרים שונים, תנאי תשלום (Net 30, Net 60), ומגבלות הזמנה מינימום. אנשי הקשר של החברה מתחברים לחנות עם הרשאות שנקבעות ברמת ה-Location.
בחנות ישראלית שעובדת מול עסקים — יבואנים, רשתות קמעונאיות, מוסדות — ה-Companies entity היא הדרך להפריד מחירי סיטונאי ממחירי קמעונאי בלי לנהל שתי חנויות נפרדות. חשוב לדעת שהתכונה זמינה רק בפלאני Shopify Plus, ושה-Admin מאפשר לחפש ולסנן לפי Companies ישירות משורת החיפוש הראשית.