בממשק ניהול הדומיינים של שופיפיי, כל דומיין מחובר עובר שלושה שלבים עד שמגיע לסטטוס Connected: ראשית בדיקת DNS (האם רשומת ה-A או ה-CNAME מצביעה לשרתי Shopify), אחר כך הנפקת תעודת TLS אוטומטית (Let's Encrypt), ולבסוף אימות שהדומיין טוען בהצלחה בפרוטוקול HTTPS. כל עוד אחד מהשלבים לא הושלם, הסטטוס יופיע כ-SSL pending, Pending או Action required.
בחנויות ישראליות שמשתמשות בספקי דומיינים מקומיים (כמו 012 Domains, Walla Domains, או IsraelBusiness) חשוב לוודא שלא הוגדרה רשומת CAA שחוסמת הנפקת תעודה על ידי Let's Encrypt. שגיאה נפוצה נוספת היא שמשאירים את שרת ה-DNS של ספק הדומיין ומנסים לנהל רשומות משם — מומלץ להעביר את ה-DNS לשופיפיי לחלוטין לצורך ניהול פשוט יותר ותעודה שמתחדשת אוטומטית.