כשמחברים דומיין צד שלישי (כמו GoDaddy, Namecheap, או ספקים ישראליים כמו אינטרנט רימון, Domains.co.il) לחנות שופיפיי, צריך לעדכן רשומות DNS: בדרך כלל CNAME לתת-דומיין (`www`) ורשומת A לדומיין הראשי. אם אין גישה לממשק ה-DNS, הרשומות לא נשמרות, או שהדומיין נעול — אף כלי של Shopify לא יוכל לפתור את זה, וצריך לפנות ישירות לתמיכה של ספק הדומיין.
בישראל נפוץ לרכוש דומיין `.co.il` דרך ספקים מקומיים שממשק ה-DNS שלהם שונה ממה שמתואר בתיעוד של Shopify. כדאי לצלם את הגדרות ה-DNS הנוכחיות לפני כל שינוי, לחכות עד 48 שעות להתפשטות (DNS propagation), ולוודא שהתעודת ה-SSL הונפקה אוטומטית דרך Shopify לאחר שהרשומות מוכנות.