כדי להעביר דומיין צריך לבצע מספר שלבים: לבטל נעילת העברה (registrar lock) אצל הרשם הנוכחי, לקבל קוד אימות (EPP/Auth code), ולהזין אותו בצד המקבל — במקרה זה ב-Shopify Admin. התהליך לוקח עד 7 ימי עסקים ומוסיף שנת רישום לתוקף הנוכחי של הדומיין. במהלך ההעברה האתר ממשיך לפעול בדרך כלל ללא הפרעה אם רשומות ה-DNS לא משתנות.
בישראל דומיינים עם סיומת `.co.il` מנוהלים על ידי ISOC-IL ואינם ניתנים להעברה ל-Shopify כרשם — ניתן רק לחבר אותם דרך הפניית DNS. לכן בעלי חנויות ישראליות שרוצים לנהל דומיין `.co.il` דרך שופיפיי צריכים להשאיר את הרישום אצל הרשם הישראלי ולהגדיר A record ו-CNAME שמצביעים לשרתי Shopify.