יתרת הזיכוי מופיעה באזור Billing בתוך Shopify Admin ומייצגת סכום שנצבר לטובת הסוחר — לרוב כתוצאה מהחזר חלקי על מנוי, פיצוי שניתן על ידי Shopify, או קיזוז על תקופת השבתה. בכל מחזור חיוב Shopify מורידה קודם כל מהיתרה לפני שגובה תשלום בפועל מכרטיס האשראי.
בחנויות ישראליות שעברו בין תוכניות מנוי או ביטלו אפליקציה במהלך תקופת חיוב, יתרת זיכוי היא תופעה שכיחה. חשוב לדעת שהיתרה אינה ניתנת למשיכה חזרה לחשבון הבנק — היא משמשת רק לקיזוז עתידי בחשבון Shopify. אם מבטלים את החנות לגמרי כשיש יתרת זיכוי, הסכום אובד.