זיכויים ב-Shopify אינם החזר כספי לכרטיס האשראי — הם מאוזנים מול החשבון הפנימי של החנות ומקוזזים אוטומטית מהחשבונית הבאה. הם מופיעים בחלק ה-Billing של ה-Admin תחת תיאור ותאריך ייצור, וניתן לראות את יתרת הזיכוי הפעילה בכל עת בדף Payment information. זיכויים יכולים להיות מוגבלי זמן ולפוג אם לא נוצל יתרתם תוך תקופה שנקבעה.
בחנויות ישראליות שמשלמות ב-USD ומתחשבנות עם Shopify ישירות, זיכויים מוצגים תמיד בדולר אמריקאי ללא המרה אוטומטית לשקל. אם קיבלתם זיכוי כחלק מהסכם פרטנר או קמפיין פרומו של שופיפיי, כדאי לוודא שהוא אכן מופיע בחשבון לפני תחילת הפרק החיוב הבא.