תחת Settings → Payments בשופיפיי מרוכזות כל ההחלטות הקריטיות לגבי קבלת כסף: בחירת ספק הסליקה הראשי (שנקרא Payment provider), הפעלת Shopify Payments (לא זמין בישראל נכון לעכשיו), הגדרת ארנקים כמו Apple Pay ו-Google Pay, ושיטות תשלום ידניות כמו העברה בנקאית. כל שיטת תשלום שמופעלת כאן מופיעה ללקוח בשלב ה-Checkout.
בחנויות ישראליות ה-Payments הוא אחד המסכים הכי קריטיים להגדרה נכונה: שופיפיי עצמה לא מציעה סליקה ישירה בישראל, ולכן חייבים לחבר ספק חיצוני כמו פאי (PayMe), טראנזילה, גרין-אינווייס או iCredit. כל חיבור כזה עובר דרך OAuth עם אישור ה-scopes של הסוחר, ויש לוודא שגם תשלומים בתשלומים (קרדיט) מוגדרים נכון ברמת הספק.