בכל עסקה בחנות, Shopify יכולה לחשב ולהוסיף מס אוטומטית לפי מדינת הקונה, סוג המוצר וכללי המס שהוגדרו בהגדרות החנות. בישראל המשמעות היא מע"מ (17%) שנוסף למחיר הסופי בקופה — אלא אם המחיר הוגדר כ"כולל מע"מ" ואז Shopify מפרידה אותו פנימית לצרכי דיווח. חשוב להגדיר נכון האם המחירים בקטלוג כוללים מס או לא, כי טעות כאן משפיעה על כל עמוד מוצר, עגלה וקופה.
הבלבול הנפוץ בקרב סוחרים ישראלים הוא בין שני סוגי המסים: מסי לקוחות (שהלקוח משלם לחנות ועל החנות להעביר לרשות המסים) לעומת המסים שנגבים מהסוחר על דמי המנוי של שופיפיי עצמה. אלה שני נושאים נפרדים לחלוטין בהגדרות, בדיווח ובאחריות החוקית — בלבול ביניהם עלול להוביל לחשבוניות שגויות ולדיווח מס לא תקין.