ERP (Enterprise Resource Planning) היא מערכת שיושבת מעל כל הערוצים העסקיים ומחזיקה את ה"אמת" לגבי כמויות במחסן, עלויות רכש, ספקים וחשבוניות. בהקשר של Shopify, ה-ERP הוא לרוב הצד שמקבל הזמנות דרך Webhook או אינטגרציה ייעודית, מפצל אותן לקווי ייצור או למחסן, ומחזיר ל-Shopify עדכוני מלאי ומספרי מעקב.
בחנויות ישראליות מדיום ומעלה נפוצות אינטגרציות ל-Priority, SAP Business One, ו-Dynamics 365. הנקודה הכי קריטית בחיבור ERP-Shopify היא טיפול בחבילות (bundles) ומשלוחים חלקיים: ה-ERP מוציא פריטים בנפרד, אבל הלקוח רואה בהזמנה מוצר אחד. בלי מיפוי SKU מדויק בין שני הצדדים, נוצרים הפרשי מלאי שמצטברים לאורך זמן.