ב-Shopify Organization (רמת הניהול העל-חנותית) ניתן לקבץ חנויות לפי קריטריון עסקי: מותג, מדינת פעילות, מחלקה, או ערוץ מכירה. כל Group store מקבל שם, ואפשר להקצות לו משתמשים עם הרשאות שחלות רק על החנויות שבאותה קבוצה. כך מנהל אזורי יכול לגשת לחנויות ישראל וירדן בלבד, בלי לראות את חנויות אירופה.
בחנויות ישראליות עם נוכחות בינלאומית — למשל מותג שמוכר ב-IL, ב-EU וב-US בחנויות נפרדות — קיבוץ חנויות חוסך ניהול הרשאות כפול ומאפשר לצוות המקומי לקבל דוחות מאוחדים בלי גישה לחנויות הגלובליות. חשוב לשים לב שהתכונה זמינה רק בפלאן Shopify Plus ומעלה, ברמת ה-Organization ולא בחנות הבודדת.