שופיפיי תומך בכמה Inventory locations: Basic 2, Shopify 5, Advanced 8, Plus 1000+. כל מוצר מנוהל בנפרד בכל location. הסוחר רואה: 'מוצר X — 50 ב-מרכז, 30 ב-צפון'. בעת הזמנה, שופיפיי מקצה אוטומטית למיקום הקרוב או שיש מלאי.

בחנות ישראלית עם 2+ מיקומים (לדוגמה מרכז + חנות פיזית), הגדרה תקינה של Inventory locations חיונית: לכל מוצר לקבוע באיזה מיקומים זמין, מה רמת הסף לכל מיקום, ו-Order routing rules. ניהול נכון = משלוח מהיר ועלות נמוכה.