ב-Shopify ניתן להיכנס לחשבון דרך שם משתמש וסיסמה, דרך קוד חד-פעמי שנשלח למייל, או דרך אימות דו-שלבי (2FA) עם אפליקציית authenticator. כניסה מאפשרת גישה לאדמין של החנות שאליה מחובר החשבון, ואם יש כמה חנויות תחת אותו מייל — ניתן לעבור ביניהן ממסך בחירת החנות בלי להתנתק. פעולות רגישות כמו שינוי פרטי תשלום, הוספת דומיין או ניהול הרשאות צוות עשויות לדרוש אימות מחודש.
בחנויות עם מספר עובדים בישראל, חשוב להבין שלכל איש צוות יש כניסה נפרדת עם הרשאות (Staff permissions) מוגבלות לפי תפקיד — לא כל מי שנכנס לאדמין יכול לראות את נתוני הסליקה או לשנות הגדרות משלוח. מנהל החנות (Owner) הוא החשבון היחיד עם גישה מלאה, ומומלץ להפעיל עליו 2FA כדי להגן על החנות מגישה לא מורשית.